口服药物对治疗牙周炎的作用非常有限，近年来牙周袋内局部放置抗菌药物，取得较好的临床效果，尤其是采用缓释剂型，使用可被生物降解的材料作为载体，使药能长时间停留于牙周袋内，起到较好的疗效，可选用的药物有如甲硝唑、四环素、氯己定。有报道称用上述药的凝胶或溶液冲洗牙周袋取得良好的临床效果，袋内的微生物消失或明显减少。
但药物治疗只能作为机械清除牙石后的辅助治疗，不能取代除石治疗，而且应在龈下刮治后用药，因为刮治可最大限度的消灭细菌，并搅乱龈下生物膜的微生态，使药物可以接触微生物并杀灭之。