性早熟治疗的副作用，主要表现在卵巢初始刺激以后，可能会导致女孩出现少量的阴道出血。儿童可能会出现过敏反应，出现荨麻疹、皮疹、瘙痒，含有血管神经性水肿发生。
有些患儿可能会出现恶心、呕吐等胃肠道症状，还会出现体重增加、高血压、情绪紊乱、发烧、视觉异常以及注射处的疼痛，或者注射部位的非化脓性脓肿。
性早熟的治疗是个缓慢的过程，在治疗的过程中，需要定期的随访，注意监测性发育，身高增长和性激素的水平，以及治疗带来的不良反应。