肛周脓肿初期建议采取口服抗生素如青霉素、头孢等，并局部涂抹抗感染药物治疗，如抗菌消炎的药膏，每天大便以后用1:5000的高锰酸钾水来清洗肛门部位。
肛周脓肿初期主要控制病情，然后促进恢复，如果出现脓肿增大应该尽快进行脓肿的引流术，局部切开进行引流效果比较明显，避免脓肿增加或感染的扩散，根据脓肿的深浅和具体位置采用麻醉的方式和手术步骤是有区别的。
术后应该注意局部卫生，可以采取温水药物坐浴的方法，也可以使用药物直接冲洗来防止感染，有排便困难的人应该口服软化大便的药物或泻药来减轻排便时造成的疼痛。术后需要以清淡饮食为主，吃容易消化的流食，避免食用辛辣、刺激的食物。