肛门有硬疙瘩很疼，有以下几种原因：1、考虑肛周脓肿，如果肛周出现肿块疼痛逐渐加剧，未进行特殊治疗3-5天成脓，有些肿块可自行破溃形成肛瘘。这种情况很可能是肛周脓肿，肛周脓肿主要是由于炎症感染引起，如果不及时治疗范围会慢慢扩大，手术难度与复发率较高，可形成脓毒血症、败血症危及生命。所以如果出现肛周脓肿，唯一的治疗方法就是尽早手术。2、考虑血栓外痔，血栓外痔是由毛细血管破裂形成血栓引起疼痛。通过外用药物一周左右可慢慢吸收，疼痛自行缓解。如果疼痛未缓解，就可能进行手术治疗。具体属于肛周脓肿还是血栓外痔，则要到专门的肛肠科进行检查，明确是哪种疾病。