早上咳嗽厉害，常见于呼吸系统感染性疾病，如病毒、细菌、支原体、衣原体等病原微生物感染所引起的感冒，以及急性咽炎、急性气管支气管炎、肺部感染等，都可能会出现早上咳嗽厉害的症状。还有一些痰多的咳嗽，如支气管扩张并感染、慢性阻塞性肺疾病急性加重等慢性呼吸系统疾病急性加重时，都可能会导致咳嗽痰多，此时就会出现早上咳嗽厉害，把痰咳出来后咳嗽可能才会逐渐减轻。
如果是急性呼吸系统感染性疾病，需根据引起呼吸系统感染的病原微生物，给予相应药物进行治疗。病毒感染引起者，可给予抗病毒治疗或中医中药辨证治疗。对于细菌感染引起者，通常需给予抗生素抗感染治疗，常用的有青霉素类的阿莫西林、头孢菌素类的头孢羟氨苄、大环内酯类的阿奇霉素等。如果是支原体、衣原体等病原微生物感染引起，通常可用大环内酯类阿奇霉素，或者18岁以上的成人也可以用喹诺酮类抗生素，比方莫西沙星进行抗感染治疗。
如果是慢性呼吸系统疾病急性加重造成的咳嗽痰多，若早上起来咳嗽厉害，除了对因治疗以外，还可以进行对症治疗，比方用一些化痰药物，口服的有羧甲司坦口服液、盐酸氨溴索、切诺等，可以稀释痰液，促进痰液排出，或者是可雾化吸入乙酰半胱氨酸，也可以稀释痰液，促进痰液排出。
