肠镜检查过程中由于气体的膨胀作用，患者可出现疼痛不适感或胀感，或在拐弯时有些肠管的牵拉引起疼痛。但由于操作越来越熟练，镜子的改进，现在不会造成很严重疼痛，多数患者可忍受，若为全麻状态下则无疼痛感。
肠道尤其是结肠，长度大概1.5-2米，在腹腔内呈现门字形，尤其乙状结肠呈中文的乙字拐弯的解剖形态。肠道还有肠内容物，肠道受到刺激可能会痉挛，或由于在肠道检查过程中要适当的打一些气体，有利于观察肠黏膜的情况。所以镜子在肠道前进的过程中要有很多的弯曲，特别是肝曲、脾曲和乙状结肠这些拐弯的部位半滑行进去，可出现轻微疼痛感。
患者做肠镜前尽量半流质饮食，以免口服泻药后粪便残渣较多影响视野观察。严格遵医嘱和按照说明书指导的方法口服泻药，服用后需进行适当活动，加快粪便排出。