桥本氏甲状腺炎的治疗分两步，具体如下：
一、当发生甲状腺功能减退症时，给予左甲状腺激素替代治疗，一般是从小剂量开始逐渐加量，根据患者的年龄、心脏功能逐渐加量至完全能够替代的剂量，然后终身服药。因为桥本氏甲状腺炎是由于淋巴细胞逐渐代替甲状腺组织，使甲状腺激素的合成、分泌减少导致的甲减。
二、桥本氏甲状腺炎时只是出现抗体的升高，而没有出现甲状腺功能减退症时，只需要跟踪检查甲状腺激素抗体以及甲状腺激素的水平，不需要特殊的治疗。
有文献报道硒酵母可以降低甲状腺激素的抗体，但是并不是很确切。在没有发生甲减时一般不需要特殊的治疗，发生甲减时就按着第一种治疗方法来进行。