偏头痛预防治疗的药物主要有几种，首先是急性发作的药物，主要是用麦角胺咖啡因和曲坦类药物。还有就是预防治疗的药物，有钙离子阻滞剂，最常用的是氟桂利嗪，也有的用尼莫地平。还有就是β受体阻滞剂，主要是普萘洛尔，可以改善偏头痛。
抗癫痫的药物最常用的是丙戊酸钠、拉莫三嗪、托吡酯，都可以治疗和预防偏头痛的发作。还有一大类药物是抗抑郁的药物，以前用三环类抑郁药多虑平，效果也可以。现在用5-羟色胺再摄取抑制剂、舍曲林、氟西汀、帕罗西汀，都能够改善偏头痛的症状。