流脑的临床表现分为轻型和普通性，轻型主要表现为症状轻微，为低热、轻微头痛、咽痛等上呼吸道症状。皮肤可以有少数的细小出血点和脑膜刺激症，而普通性占90%以上，分为四期，有前驱期，就是呼吸道感染症状，咳嗽、咽痛，而后会出现败血症期。主要表现为高热、寒战，伴有头痛、肌肉酸痛、食欲减退及精神萎靡等败血症的症状。
接下来就会出现脑膜炎期，主要表现为炎症刺激而出现的脑膜炎症状，剧烈的头痛伴恶心、呕吐，还会有视乳头水肿、烦躁症状、脑膜刺激征、颈项强直、克氏征阳性、布氏征阳性，还会出现脉搏、心跳、血压波动的症状。经过这些症状以后就是恢复期，逐步的体温恢复正常，皮肤瘀点、瘀斑消失，然后逐步的症状会完全恢复。