躯体形式的自主神经紊乱，通常治疗跟其他的神经紊乱差不多，可能要添加一些针对躯体形式障碍效果更好的药物，主要有去甲肾上腺素再摄取抑制剂，如文拉法辛和米氮平，对躯体形式障碍效果会更好。但是其他的药物还是要用，如可以调整情绪的5-羟色胺再摄取抑制剂，调整睡眠的安眠药类也要继续应用。
同时，要调整自身的生活习惯、睡眠习惯，白天尽量不要睡觉，保持良好的心态和情绪。晚上睡觉前可以泡个脚、洗个热水澡，要保持环境的黑暗和安静，在黑暗的环境当中也可以促进褪黑素的分泌而改善睡眠和情绪，通过综合的治疗可以改善症状。