甲状腺功能减退症是不会传染的，甲状腺功能减退症是非传染性疾病，所以不会从一个人传染给另外一个人。甲减的发生多是由于甲状腺激素合成、分泌减少所导致的，机体合成甲状腺激素主要是通过碘元素在甲状腺内合成甲状腺激素，机体如果碘缺乏容易发生甲状腺功能减退症。如果是甲状腺本身出现了病变，不能合成、分泌甲状腺激素，也可以产生甲减。
目前常见的甲减主要是由于甲状腺组织发生病变，使得甲状腺激素合成、分泌的场所减少，导致发生甲减，最常见的是桥本甲状腺炎、核素碘-131，以及甲状腺手术治疗以后导致的甲减。由碘元素缺乏所导致的地方性甲状腺肿伴甲状腺功能减退症，已经很少发病，因为在这种地区食盐中已经加入了碘，所以发病率大幅下降。