平常生活中的肠镜指的就是结肠镜，但是如果从医学的知识上来严格的区分，肠镜分为小肠镜、十二指肠镜、结肠镜，也有可能直肠窥镜等检测，还有胶囊内镜，也属于常见的范畴，所以结肠镜属于肠镜的一种。结肠镜观察范围是从肛门进镜，先进的回盲部再推进进行观察，依次观察回盲部、阑尾、升结肠、横结肠、降结肠、乙状结肠，以及直肠。
十二指肠镜主要用于胆道的检查和治疗，如ERCP等，是侧向开口的小肠镜，用的较多的是双气囊小肠镜，需要从口侧和肛侧分别进境，胶囊内镜就是可以口服以后在肠道自行拍照，留取照片。目前新型胶囊内镜叫做磁控胶囊内镜，但胶囊内镜不能取活组织检查。