单纯疱疹病毒性脑炎治疗的首选药物是阿昔洛韦，阿昔洛韦又名无环鸟苷，是广谱的抗病毒药物，对于单纯疱疹病毒具有非常强烈的抑制作用，而且对于水痘-带状疱疹病毒也有非常好的治疗作用。阿昔洛韦能够透过血-脑屏障，在脑脊液中的药物浓度大约为血液中药物浓度的50%，治疗时间一般为14-21天。如果患者临床症状比较严重，可根据病情适当延长治疗时间，或者考虑再次重复治疗一个疗程。
如果阿昔洛韦治疗无效，就要考虑使用更昔洛韦，更昔洛韦的治疗时间相对也比较长，约为14-21天。如果患者使用了抗病毒药物治疗效果不好，可考虑使用糖皮质激素，该类药物目前的使用尚有争议，但临床上也经常采用，大部分治疗多采用早期、大量、短程的给药原则。另外，还要进行对症治疗，若出现了高热、抽搐或颅内压增高，就要积极降颅内压，并治疗癫痫。