扁桃体结石的最主要原因，是扁桃体自身的反复炎症，以及不注意口腔卫生，治疗方法分为保守治疗和手术治疗。
保守治疗主要是扁桃体局部按摩、隐窝灌洗的方法，但是治疗的长远疗效是不理想的，一定要注意保持口腔卫生，可以应用漱口液漱口，平时要在餐后、睡前勤刷牙，也可以注意良好的饮食调节，如多进食一些新鲜的蔬菜、水果，能够增强身体的抵抗力和抗病能力，同时也起到清热解毒的作用。
对于合并有慢性扁桃体炎、一年反复发作4-5次以上的，建议手术切除扁桃体，也是唯一的根治方法。