桥本甲状腺炎是自身免疫性疾病，桥本甲状腺炎一般发生甲减的可能性比较大，发生甲亢的目前很少。桥本甲状腺炎是甲状腺把自己当做抗原，针对自身产生了抗体。早期可以出现甲状腺球蛋白抗体、微粒体抗体升高，随着病变的发展，会发生甲状腺功能减退症。
从抗体升高到发生甲减因人而异，时间长短不一，当发生甲状腺功能减退症时，给予左甲状腺激素替代治疗即可。桥本甲状腺炎很少发生甲状腺机能亢进症，也不存在治疗的问题。发生甲减可给予替代治疗，在没有发生甲减的时候，只是抗体升高，只需要观察甲状腺激素和抗体水平的变化。