空孕囊多久会自然流产，没有一定的规定。有些孕囊发育不好的情况下，很快会出现腹痛及阴道流血的情况，然后子宫出现收缩，将空孕囊排出为自然流产。
但是也有些女性胚胎停止发育以后并没有立刻排出，在子宫腔内机化自行吸收，但是有些机化吸收不好的，也会对以后造成一定的后遗症和影响。
所以，在怀孕早期，建议女性一定要到医院进行定期的检查，了解胚胎发育的情况，一旦发现空孕囊为胚胎停止发育，应尽早终止妊娠。