对于小脑血栓的消除，先要针对基础疾病进行治疗，主要是高血压、糖尿病、高血脂，患者需要通过控制血压、血脂、血糖。同时患者要在饮食注意，要采取低脂、低糖、低盐的饮食，以及戒烟、戒酒，祛除危险因素后再给予阿司匹林、氯吡格雷以抗血小板聚集。
阿托伐他汀、瑞舒伐他汀等药物可以稳定斑块，消除斑块，改善供血后可以消除小脑的血栓。患者通过适当的锻炼，比如快走、慢跑以及游泳等，可以改善血液循环，从而消除血栓。