与其他任何疫苗一样，接种新冠灭活疫苗也可能会出现一些常见的副作用，如接种部位的酸胀、红肿、疼痛、瘙痒等，极少数人因个体差异可能会出现发热、乏力、恶心、头痛、肌肉酸痛等，一般不需要处理，2-3天后大多可自行恢复。如果症状较重或持续时间过久，如发热，体温达到39℃以上或持续时间超过三天，不排除出现继发感染的可能，应及时到医院行诊治。
目前尚未监测到发生与疫苗相关的严重不良反应，由于疫苗所含成分的特异性属性，有可能诱发过敏性反应，这是疫苗本身的特性之一，由此产生的不良反应不代表疫苗本身的质量和安全性存在问题，所以对于曾经有过敏史的人群，在接种前一定要如实告知医生，由医生判定是否能够正常接种，切不可有所隐瞒，从而导致意外不良反应发生。