临床上治疗牙周炎多采取局部治疗和局部用药的方法，局部用药可以用双氧水和生理盐水反复交替的冲洗牙周袋，再往牙周袋内滴涂碘制剂，如碘甘油、碘酚或者涂抹盐酸米诺环素软膏进行消炎。牙周炎的局部治疗主要包括超声洁治，也就是洗牙，牙周刮治术和根面平整术等牙周治疗方法，通过这一系列治疗，能够彻底去除牙周袋内的牙石和牙菌斑，使牙龈和牙周的炎症消除。
通常不建议牙周炎患者长期口服消炎药物进行消炎，除非牙周出现了严重的牙周脓肿，并引起淋巴结肿大和低热等现象，可以口服抗生素消炎，比如服用甲硝唑片、替硝唑片、头孢、红霉素和阿莫西林来消炎。