卵巢子宫内膜异位囊肿破裂时可发生急腹痛，多发生于经期前后、性交后，或其他腹压增加的情况。
症状类似输卵管妊娠破裂，但没有腹腔内的出血，如果出现卵巢巧克力囊肿破裂的情况，在确诊之后需要积极手术治疗。
手术治疗要将破裂的囊肿、破裂的巧克力液体吸出，冲洗盆腹腔直到冲洗干净，然后要把囊壁剔除，进行卵巢修补，避免再次出现出血的情况。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位囊肿的一种，手术之后也是比较容易复发的，所以在手术之后要用GNRH类的药物来控制复发。
手术之后要注意不能进行性生活、盆浴、泡温泉等一个月，而且要用抗生素来预防感染。