子宫腺肌症的治疗应该根据患者的症状、年龄和生育要求而定，目前没有根治性的有效药物。对于症状比较轻的、有生育要求，及近绝经期的患者，可试用达那唑、孕三烯酮、GnRH或左炔诺孕酮宫内节育系统治疗，均可缓解症状。
但需要注意药物的副作用，并且停药后症状会复现。在GnRH治疗时应注意患者骨丢失的风险，可以给予反向添加治疗和钙剂补充。年轻或希望生育的子宫腺肌瘤患者，可试行病灶切除术，但术后有复发的风险。
对于症状比较严重，没有生育要求或药物治疗无效的患者，应行全子宫切除术。是否保留卵巢，取决于卵巢有无病变和患者的年龄。