骨髓炎分急性骨髓炎和慢性骨髓炎、具体方法如下：
第一、急性骨髓炎的手术治疗，目的主要是引流脓液，足趾急性骨髓炎转变为慢性骨髓炎，手术治疗宜早。手术的方式有钻孔引流或开窗减压两种，在干骺端压痛最明显处，做纵形切口切开骨膜放出骨膜下脓肿内高压脓液。如无脓液下两端各剥离骨膜2cm不宜过广，在干骺端以4mm口径钻孔数个，用骨刀去除一部分骨密质称为骨开窗。
第二、对于慢性骨髓炎的手术治疗主要是，以清除死骨炎性肉芽组织和消灭死腔为主，称为病灶清除术。手术指征主要是有死骨形成、死腔及窦道流脓者。手术方法是清除病灶在骨壳上开壳进入病灶内吸出脓液，清除死骨与炎性肉芽组织。另外，消灭死腔，可以行碟形手术，在清除病灶后再用骨刀将骨腔边缘消除，一部分形成平坦的碟状，以融周围软组织贴进来消灭死腔，肌瓣填塞对于死腔较大，做碟形手术伤势骨折太多必会发生病理骨折，可以做带蒂肌皮瓣填塞以消灭死腔，同时还可以行闭式灌洗引流。