对于肥厚型心肌病如果病情比较轻没有症状，或者心电图正常及室间隔不是很厚的患者可以暂观察，但是应注意避免剧烈活动。对于严重的患者需要应用改善心肌供氧、改善预后的药物，如β受体阻滞剂、盐酸普奈洛尔、美托洛尔、富马酸比索洛尔等。钙离子拮抗剂，如维拉帕米等。
对于有心衰的患者需要用利尿、扩血管药物。对于有心律失常的患者应用抗心律失常药物，如胺碘酮。但是该病用药有一些禁忌，如心衰时不能用洋地黄制剂也不能用硝酸甘油类扩血管药，异丙肾上腺素等药物也是禁忌。