胚胎不好多久会自然流产，不能一概而论。有一半患者会自然流产，但也有很多胚胎发育不好者不会出现自然流产。
胚胎不好的原因非常的复杂，比如空孕囊。受精卵着床后发育异常，尚未形成胚胎就停止发育。所以，在B超下只有孕囊，而没有胚胎组织。一些胚胎停育是因为遗传的因素，如夫妻双方染色体的异常、单基因病。也可能是解剖结构的异常、先天性的发育不良，或者机能不全。另外，一些常见的原因有感染因素，比如支原体、沙眼衣原体和细菌性阴道病等感染，都有可能造成胚胎发育不良。此外，孕妇本身的内分泌异常、黄体功能不全、免疫性疾病以及易栓症，都会导致胚胎发育不好。大部分胚胎发育不好会有流血、腹痛等症状，有一半的患者胚胎发育不好会有自然流产的现象，但是也有很多的胚胎发育不好者不会出现自然流产的现象。这时要进行清宫术，终止妊娠。
胚胎发育不好或发育迟缓，会直接影响胎儿的生长和智力发育。前期会导致B超检测与孕周不相符，后期会有胎儿器官发育不全、低体重儿等。建议女性孕前做好全面筛查，孕期注意保养，避免此现象发生。