偏头痛的病因尚不明确，可能与遗传、内分泌代谢、环境因素、精神因素有关：
第一、遗传因素，偏头痛具有遗传易感性，约60%的偏头痛患有家族史。
第二、神经细胞兴奋性紊乱，还有一些学者发现，一类神经系统兴奋性相关基因突变与偏头痛常见类型有关。
第三、内分泌和代谢因素，这个在临床上尤其与女性激素水平有关，女性偏头痛可达到男性的三倍，青春期的女性发病尤其明显。
第四、诱发因素，一是饮食，含有酪酸的奶酪，亚硝酸的肉类、腌制品等等，都是偏头痛的易发因素。二是压力和应急感觉的刺激、体力活动，甚至环境变化，一些药物等等都是刺激偏头痛的病因。