脂肪瘤和脂肪囊肿，在临床上主要存在以下区别：
一、囊肿的内容物通常为液体，而脂肪瘤为实质细胞的增生，从影像学上囊肿表现为无回声区，而脂肪瘤表现为低回声区。
二、脂肪瘤通常发生于体表部位，少数患者也可发生在内脏部位，而囊肿则可以发生在全身各个脏器和组织，比如肝脏囊肿、胰腺囊肿、脾腺囊肿，以及乳腺囊肿。
三、脂肪瘤患者需要通过进行手术切除才可以痊愈，而乳腺囊肿、腹腔内的脏器囊肿等情况，如果直径不超过两厘米，并且没有症状时，患者不需要进行治疗。对于有体表囊肿的患者，有些可以通过口服药物达到治愈的效果。
上述是囊肿和脂肪瘤的一些区别，主要表现为内容物不同、发病部位不同，以及治疗方法不同。