干扰素对乙肝病毒的作用，主要表现为与靶细胞表面的干扰素受体结合，阻止病毒蛋白的合成，从而抑制乙肝病毒的复制，发挥抗病毒的作用，而且干扰素还有多重免疫调节的功效，所以在治疗乙肝抗病毒方面，尤其是乙型肝炎e抗原、乙型肝炎表面抗原转阴方面，有很强的效果。
目前干扰素应用起来有很多的不方便，比如为注射用药，以及可能引起一些明确的不良反应，需要注意，初期应用干扰素会有类流感样症状，通常表现为发热、寒战、周身不适、头痛等症状，一般在3-5个小时后出现，24h之内能自然缓解，逐渐应用干扰素过程中，可能会出现血液系统的改变，包括白细胞、血小板的减少，以及明显的骨髓抑制，还有消化道的明显症状，皮肤还容易出现红斑、荨麻疹，甚至轻微的皮疹，如果症状轻微，可以暂时不做处理，如果症状严重，需要进行抗过敏治疗，或者减少干扰素用量。对内分泌系统，比如甲状腺激素以及其他激素的水平，都有轻微的改变，需要定期进行监测，而且干扰素的转阴率，确实比口服核苷类似物的转阴率高，而且疗程相对较短，一般为一年至一年半左右。