复方氯已定含漱液一般长时间使用可以导致口腔味苦，或者可以使牙齿及舌背黏膜产生着色，而这就是它的主要的副作用。少数人可有口腔黏膜的烧灼感，但是停药以后一般都能够自行消失，牙面的着色可以选择使用洗牙的方法进行祛除。
而通常情况下，复方氯已定含漱液如果使用0.12%的浓度长期使用是比较安全的，不易产生耐药菌株，全身副作用也比较小。能够有效地将菌斑进行控制，也可以在牙周手术后含漱，可以选择使用氯已定含漱液，能够减少菌斑的形成。通常建议定期的进行使用，而且洗牙或者做完龈下刮治以后可以使用漱口水，这样能够减少口腔菌群的紊乱。