失眠伴有头疼说明失眠的时间比较长，已经引起植物神经功能紊乱或者导致躯体形式的障碍，一般来说失眠时间长，会引起一些神经递质的改变，出现精神、心理方面的改变。
头疼是因为长期失眠，引起的精神压力大和精神恢复不够，出现的头皮肌肉收缩，还有神经递质紊乱、植物神经功能紊乱等因素造成，所以已经不是简单的失眠症，可能会伴有神经衰弱、神经症和植物神经功能紊乱、躯体化障碍等相关的症状。