当子宫内膜腺体及间质侵入子宫肌层时，称子宫腺肌病，多发生于30-50岁经产妇，约15%同时合并内异症，约半数合并子宫肌瘤，遂对尸检和因病切除的子宫作连续切片检查，发现10%-47%的子宫肌层中有子宫内膜组织，但其中35%是没有临床症状的。
子宫腺肌症与子宫内膜异位症病因不同，但均受雌激素的调节。子宫腺肌症患者部分子宫肌层中的内膜病灶与宫腔内膜直接相连。
故认为是由基底层子宫内膜侵入肌层生长所导致的，多次妊娠及分娩、人工流产、慢性子宫内膜炎等，造成子宫内膜基底层损伤与腺肌病发病密切相关。