早上起床咳嗽后有痰，通常是因为夜间平卧，上下呼吸道的分泌物积蓄，当体位变动的时候，机体的非特异性保护机制就会产生咳嗽动作，让睡眠状态下蓄积到呼吸道的痰液，随着主动咳嗽排出来，这样非特异性的保护机制，对预防呼吸道感染、肺部的疾病都非常有价值。正常人早晨起床后，咳嗽、有痰是保护机制，如果有痰、没有咳嗽，保护机制无法将痰液充分的排出，患者就容易患肺部感染。当然，每天早晨咳嗽、有痰，只能说明呼吸道分泌物增加。
有些患者长期吸烟，吸烟可以引起气管、支气管黏膜杯状细胞增生，导致呼吸道分泌物的增加。白天站立位时，少量的分泌物很快就被局部吸收，而晚间活动量小，局部分泌物得不到及时的吸收，可能就会在呼吸道积聚，随着体位的变动，机体自主性的咳嗽就会将这些分泌物排出，这样是非常好的习惯。如果没有任何原因导致呼吸道的分泌物增加，机体就不会在早晨起床后咳嗽，甚至有痰产生。具体患者早起咳嗽后有痰是哪种原因所导致，通常要依据是否吸烟、有慢性肺部疾病等来综合分析、判断。