目前没有针对柯萨奇病毒的特异性抗病毒药物，临床对于此病毒感染主要是对症治疗，具体措施包括以下几种：
一、密切监测病情变化，尤其是脑、肺、心等重要脏器功能，危重病人特别注意监测血压、血气分析、血糖及胸片。
二、注意维持水、电解质酸碱平衡及对重要脏器的保护。
三、有颅内压增高者应给予相应的处理。
四、出现低氧血症、呼吸困难等呼吸衰竭征象者，应及早的进行机械通气治疗。
五、维持血压稳定。
六、其它重症处理，如出现DIC、肺水肿、心力衰竭等，应给予相应的处理。
柯萨奇病毒感染一般预后良好，即使病情较严重的脑膜炎、脑炎，大多数病例也于数日内迅速康复，仅少数患者的病程迁延数周之久，肌力减退虽较多见，但也迅速恢复。