小儿肾病综合征部分可以治好，还有部分就治不好，肾病综合征的预后转归和病理变化密切相关，微小病变型预后最好，灶性肾小球硬化型和系膜毛细血管增生性的肾小球肾炎预后最差。微小病变型90%-95%的病儿对首次应用糖皮质激素有效，其中85%可以复发，复发在第一年比以后更常见。
如果小儿3-4年还没有复发，其后有95%的机会就不再复发了，所以预后比较好，但是还有70%的孩子虽然会复发1-3次，基本甚至还多次复发，依然预后良好。微小病变型发展成尿毒症的很少，但是有一部分是死于感染和激素的严重的副作用。在治疗过程中由于用激素的副作用有很多，容易引起高凝状态，容易导致抵抗力的低下，IgG低可以导致感染而死亡，但是对于一些局灶节段硬化型的仅有20%对激素敏感，既往数据显示40%-50%的小儿，一般在10-15年最终发展成肾功能不全，预后不良，此外并发症也影响预后，部分可死于感染和栓塞合并症。