盐酸万古霉素的副作用主要涉及消化系统、血液系统、过敏反应以及泌尿系统，盐酸万古霉素是一种糖肽类的抗菌药物，临床上主要用于治疗由敏感菌引起的各种感染。盐酸万古霉素可以造成肾功能损害，使尿素氮水平升高、肌酐水平升高，还可能会引起间质性肾炎。使用盐酸万古霉素可能会造成中性粒细胞缺乏、嗜酸粒细胞增多，还会引起恶心、假膜性结肠炎等胃肠道反应。用药期间如果出现低血压、哮喘、呼吸困难、荨麻疹、瘙痒、身体上部潮红或者疼痛、胸背部肌肉抽搐等过敏症状，请立即停药。盐酸万古霉素是一种特殊级抗菌药物，因此只有在医生、护士的监护下和在医疗机构内才能使用。