甲减主要通过甲状腺功能的检查进行确诊，查甲状腺功能主要通过三项指标来确诊甲减。三项指标指促甲状腺激素、游离T3（FT3）、游离T4（FT4），通过这三项指标来确诊甲状腺功能减退。
如果促甲状腺激素水平增高，而FT3、FT4水平正常考虑是亚临床甲减，如果促甲状腺激素增高，而FT3、FT4降低则属于临床甲减。
如果促甲状腺激素和FT3、FT4都增高就要考虑是甲状腺激素不敏感综合征，如果促甲状腺激素和FT3、FT4都降低要考虑垂体或者下丘脑原因导致的甲减。