更年期有的时候会发生头疼，更年期主要是由于女性卵巢功能的下降，造成雌孕激素的下降，正常大脑中有雌激素的受体，雌激素可以通过影响神经递质和影响一些酶发挥的作用。
另外还可以影响神经递质与靶位点的结合，使神经细胞发生变化，所以雌孕激素的下降会引起脑部的信号传递的一些异常。另外，雌孕激素还对血管的血流量和血管的舒缩，也会产生一定的影响。
更年期由于雌孕激素的下降，使血管的血流量和血管的收缩功能也发生了改变，在这种情况下可能就会有头痛的症状，并引起更年期综合征。