有少数新生儿在出生以后，会出现甲状腺功能亢进症。这种甲状腺功能亢进症多数呈一过性，并且会随着新生儿体内甲状腺抗体的消失而自行缓解，临床病程一般在3-12周左右。对于新生儿甲状腺功能亢进症的治疗，关键是尽快降低新生儿循环中甲状腺激素水平，即降低血液循环中的甲状腺激素水平是治疗的核心。
临床上多选择口服抗甲状腺药物治疗新生儿甲状腺功能亢进症，一般选择甲巯咪唑治疗。如果新生儿甲状腺功能亢进症经过上述治疗36小时后，效果仍然不明显，可以在原来的药物基础上酌情增加药物剂量，同时给予糖皮质激素治疗。注意这些治疗都应该在专科医生的指导下进行，家长不要自行用药。