腱鞘囊肿的病因目前尚不太清楚，目前考虑为慢性损伤。
由于手指频繁或者关节频繁、多次的活动，导致肌腱在滑膜囊内多次重复的运动磨损，而出现炎性反应，导致滑膜出现积液。在滑膜腔内，积液增多之后形成囊性的渗出，或者结缔组织黏液退行性变，也可导致发病。腱鞘囊肿多好发于关节活动部位较多的部位，如腕部、膝部，这些部位的囊肿可在体表扪及。