子宫内膜异位症在临床上造成卵巢巧克力囊肿，与其他卵巢囊肿的区别有以下几点：1、卵巢巧克力囊肿会有比较明显的痛经病史，或者会造成不孕不育，卵巢囊肿没有痛经的病史，绝大部分不会影响怀孕。2、卵巢巧克力囊肿做B超检查会发现囊腔内有多个星状的回声，卵巢囊肿通过B超检查没有这种表现。3、通过抽血检查卵巢巧克力囊肿会出现CA125的轻度升高，其他的卵巢囊肿不会导致CA125的升高，这就是巧克力囊肿与卵巢囊肿在临床上的区别。