造成肌肉萎缩的原因有多种，可能是外伤，也有可能是原发疾病导致的。当发生骨折时，肢体活动减少，可能会出现废用性的肌肉萎缩，骨折时，也可能会损伤周围的神经或导致脊髓、神经受压，该神经支配区域，可能出现肌肉萎缩。
某些遗传性疾病也会导致肌肉萎缩，例如假肥大性肌营养不良 ，该疾病主要出现在儿童时期，多表现为肌肉萎缩、行走困难。神经性病变也会导致肌肉萎缩，例如脑梗、小儿麻痹症等，神经的病变可引起神经信号传导障碍。
从而引起部分肌纤维废用，运动能力减低，导致废用性的肌肉萎缩。一些其他疾病也会造成肌肉萎缩，例如颈椎病、腰椎间盘突出等，可造成相应部位脊髓、神经受压，从而引起肌肉萎缩。