吴茱萸的功效主要是温中散寒、理气止痛、燥湿，临床上主要用来治疗厥阴头痛，还有脏寒引起的呕吐、泄泻、脘腹、胀痛、经行腹痛、五更泄泻，就是醒来的时候早晨第一件事就是去上厕所，大便不成形，还有高血压，以上这些证型引起的脚气、疝气、口疮溃疡、牙齿疼痛、湿疹、黄水疮等等。
吴茱萸还可以用来治疗蛲虫病，有腹中积块的患者也可以用吴茱萸来治疗，用吴茱萸捣烂和酒一起煮，取出来以后包在布里头，然后增加几块来进行运输，如果是冷的可以炒热了以后再运，直至这个积块消除。