念珠菌病的症状与病原菌侵犯的部位有关系。常见的有致病菌侵犯口腔会出现鹅口疮、食管炎、发烧等，感染脚趾、手指等，可能会出现局部瘙痒、水疱、糜烂、破溃等，通常所说的脚气。
感染外阴会出现外阴瘙痒、烧灼、尿痛、性生活痛、豆渣样白带、皮肤皲裂等，具体表现每个人存在一定差异，男性念珠菌感染包皮龟头可能出现局部丘疹、红斑、皮肤脱皮，并伴有瘙痒的症状。
念珠菌能引起多器官损伤，如肺部感染出现咳嗽、白色黏痰，严重的会出现咳血，出现症状最好是确定致病菌后对症治疗，以免引起菌群失调，平时注意卫生，合理使用抗生素，降低感染几率。