植物神经紊乱是非器质性病变的疾病，所以在诊断之前要排除器质性病变，由于植物神经紊乱涉及全身多个系统，主要有心血管系统、呼吸系统、消化系统、内分泌系统、代谢系统、泌尿生殖系统等。
因此在诊断植物神经紊乱的时候，要排除极大系统的器质性病变，进行重要的物理检查，如CT、生化血液检查以及冠状动脉造影的检查、肠道肠镜、胃镜的检查等，同时需要做部分试验，如卧立位试验和皮肤划痕试验，之后根据临床的症状，来确诊植物神经功能紊乱。