当直肠有炎症时，如果能证实是细菌感染性直肠炎，使用抗生素治疗是必要的。如果是非感染性直肠炎，由于结缔组织病或放疗等物理因素造成直肠损害。此时应该局部用药，包括溃疡性、非感染性直肠炎也可以局部用药，有酸剂可以进行局部灌肠，有的甚至需要全身用非甾体类抗炎药。
如果直肠炎造成腹痛且里急后重很明显，可以对症加用调解肠道运动的药。过去都是使用抗胆碱药，由于抗胆碱药有心悸、口干等副作用，现在市面上又有了选择性作用于肠道的钙拮抗剂，此药物对改善症状也有很好的作用，但仅仅是辅助用药。