基底节区是在两侧大脑半球深部的一些灰质核团，包括尾状核、豆状核和屏状核，是组成锥体外系的主要结构。尾状核位于侧脑室前角的前外侧壁，而豆状核由壳核和苍白球组成，苍白球位于豆状核的内侧部，壳核位于苍白球的外侧部。屏状核是一层比较薄的灰质板，位于壳核和岛叶皮质之间。
尾状核、豆状核和丘脑组成了内囊，内囊分为内囊前肢、内囊膝部和内囊后肢。内囊前肢位于壳核和尾状核之间，内囊后肢分隔着豆状核和丘脑，大脑和向外传出的神经纤维组成都位于内囊，内囊是人体运动感觉神经传导最为集中的部位，这些核团在人体的各种疾病中起着重要的作用，比如基底节区的脑出血、脑梗死为，出现所谓的三偏综合征，偏瘫、偏身感觉障碍、偏盲，就是因为损伤了这些核团组成的内囊运动、感觉神经纤维导致的。