有些脑炎会复发，常见的是自身免疫性脑炎，一般是脱髓鞘脑炎，这种会复发，又称多发性硬化。还有一些脑炎不会复发，比如感染性因素所造成的结核性脑炎、脑膜炎，还有真菌性感染，患者一般经过治疗、预防，避免发生免疫力下降，患者不容易复发。
但也有一些脑炎是病毒性，患者也有可能复发。最常见的是单纯疱疹病毒性脑炎，如果免疫力下降则会复发。单纯疱疹病毒会一直潜伏在大脑的神经节里，免疫力下降以后容易出现复发。通常情况下，脑炎的复发一方面是跟免疫力有关系，另一方面是免疫功能紊乱，比如多发性硬化也会复发。