肺穿刺活检是有创性的操作，有一定的风险，常见的并发症有气胸、胸膜腔出血、肿瘤的针道种植和其它器官的气体栓塞。实际上，后面这两种情况非常的罕见，国内外报道的较为一致的术后并发症主要是气胸和出血，而气胸是最常见的并发症，文献报道的发生率为9%-44%，大多在10%左右，而且大多数是少量的气胸，无需特殊处理，可以自行吸收，需要做胸腔闭式引流的病人仅占1.6%-14.3%。
肺穿刺引起的出血一般也是少量的出血，1-3日可自行吸收而止血，少数病人痰中带血。大咯血和胸膜腔出血的发生率较低，并发症的发生与操作者的熟练程度、进针次数、穿刺针与穿刺点胸膜切线位的锐角度、肺气肿等因素有关，而且很大程度上与患者病灶的血供丰富程度有关。如果是良性病灶，血供一般不太丰富，相对就比较安全，出血的风险也低，如果是恶性肿瘤并且恶性程度比较高，生长又比较快，就提示血供非常的丰富，这种情况下，出血的风险就相对要高一些。