肠镜和胃镜是最常用的以及最明确的，判断胃肠道相关疾病的一种特殊检查方式。肠镜和胃镜按其检查的方法，如普通胃肠镜、无痛胃肠镜以及是否需要进行肠镜以及胃镜下的活检，以及息肉和肿瘤的治疗术，其费用相对也有较大的差别。
如镜型，普通的胃镜加肠镜费用一般在1000元左右；如是无痛下的胃镜和肠镜，其总费用一般为2000元左右。如需要行胃肠镜下的相关治疗，包括息肉的电切、套扎以及ESD术或EMR术，其费用一般会相应的增加治疗、器械、住院、检查的费用等，因此费用在5000-20000元之间。