霉菌性阴道炎是由于霉菌感染导致的，如果是初治，可以选择常规的广谱的治疗霉菌性阴道炎的药物，比如达克宁栓或者克霉唑栓，有时也可以选用制霉菌素。如果是反复发作的霉菌性阴道炎或者久治不愈的阴道炎，就要寻找有效的药物，有效的药物每个人的情况是不同的，可以根据培养加药物敏感试验来筛选药物。
同时还可以积极的寻找霉菌性阴道炎的原因，特别是滥用广谱抗生素，使用激素、免疫剂等患者要注意尽可能的积极按疗程、足量的治疗，避免反复发作，同时还要注意卫生用品及内衣、内裤的清洁。必要的时候，可以使用碱性溶液来蒸煮，使霉菌完全消灭，同时还要注意性伴侣的交叉感染问题，必要时性伴侣应该同时治疗。