甲状腺和扁桃体是两个不同的器官，二者有着根本的不同。甲状腺是内分泌器官，位于颈部前下方，在胸骨上窝上方，通过甲状腺峡部横跨气管两侧，主要作用是分泌甲状腺激素和降钙素。甲状腺激素就是通常所说的T3和T4，调控机体代谢和身体生长发育。降钙素能够调节人体钙的水平。扁桃体是淋巴器官，也是免疫器官，能够分泌淋巴细胞和抗体，对细菌和病毒具有防御作用。扁桃体参与构成咽淋巴环，是人体防御系统的第一道大门。如果人体免疫力下降，可导致扁桃体感染发炎，若扁桃体反复发炎，对人体可产生较大影响，可考虑手术切除。